Kimia medisinal farmakofor

  Rapid Aplication Development

Pengertian Rapid Aplication Development :Sebuah proses perkembangan perangkat lunak sekuensial linier yang menekankan siklus perkembangan dalam waktu yang singkat.RAD menggunakan metode iteratif dalam mengembangkan  sistem model bekerja system dikonstruksikan diawal tahap perkembangan dengan tujuan menetapkan kebutuhan pengguna dan selanjutnya disingkirkan

Tujuan Penggunaan RAD :

1.kemungkinan terjadi kesalahan yang sangat kecil 

2.Tingkat kepuasan konsumen tertinggi

3.Biaya penggembangan termurah

Model RAD memiliki 3 tahapan sebagai berikut:

1.    Rancangan kebutuhan (requirement Planning)

2.    Proses desain system( design system)

3.    Implementasi(implementation)
  Tahapan-Tahapan Pada RAD
-Rencana Kebutuhan
-Proses Desain
-Implementasi
-Tahapan Keseluruhan

-Metode RAD sebagai salah satu alternatif dari SDLC(System Development life Cycle) belakangan ini sudah banyak yang menerapkan nya untuk mengatasi keterlambatan yang terjadi  apabila menggunakan metode konvensional.Metode RAD sesuai untuk menghasilkan system perangkat lunak dengan kebutuhan yang mendesak dan waktu yang singkat dalam penyelesaian nya

-Metode RAD: merupakan pendekatan berorientasi objek untuk menghasilkan sebuah system dengan sasaran utama mempersingkat watu pengerjaan aplikasi dan proses sesegera mungkin memberdayakan system perangkat lunak tersebut secara tepat dan cepat.

Keunggulan menggunakan model RAD

1.setiap fungsi mayor dapat dimodulkan dalam waktu tertentu kurang dari 3 bulan dan dapat dibicarakan oleh tim RAD yang terpisah dan kemudian diintegrasikan sehingga waktunya lebih efisien

2.RAD mengikuti tahapan perkembangan seperti umumnya ,tetapi mempunyai kemampuan untuk menggunakan kembali komponen yang ada  sehingga pengembang tidak perlu membuat dari awal lagi dan waktu yang lebih singkat.

Kelemahan menggunakan Model RAD

1.proyek yang besar dan berskala ,RAD memerlukan sumber daya manusia yang memadai untuk menciptakan jumlah yang baik.

2.RAD menuntut pengembang dan pelanggan memiliki komitmen dalam aktivitas rapid fire yang diperlukan untuk melengkapi sebuah system dalam waktu yang singkat.

Pengertian Farmakofor merupakan posisi geometric tiga dimensi dari gugus-gugus yang terdapat didalam suatu ligan yang membentuk suatu pola yang unik yang dapat dikenali oleh reseptor secara spesifik yang bertanggung jawab terhadap proses pengikatan ligan dengan suatu reseptor dan aktivitas reseptor tersebut (Thomas,2007)

Gambar Struktur Farmakopor

Salah satu metode dari farmakofor Diantarnnya metode ligand-based pharmacophore modelling yaitu dengan cara mengimpit atau  menggabungkan molekul aktif pada obat dan menggali ikatan kimia yang penting untuik aktivitasnya. Metode structure-based-pharmacophore designi  dapat dilakukan dengan cara melihat interaksi antara target atau reseptor dengan makromolekul ligannya. Pada metode structure-based pharmacophore design,  dalam hal untuk pemodelan farmakofor, tahap selanjutnya yaitu diskrining secara virtual. Metode ini bertujuan agar mendapatkan kandidat obat yang aktif sehingga dapat dijadikan dasar dalam pengujian aktivitas yang lebih lanjut. Selanjutnya, setelah itu dapat dilihat melalui aplikasi Ligand Scout yang akan memberikan hasil berupa basis kompleks antara ligand an makromolekul. Metode structure-based pharmacophore design sendiri dibagi menjadi 2 sub kategori, yaitu berbasis kompleks ligan dan makromolekul serta berbasis makromolekul

Cara-cara mengidentifikasi dari Kromofor

       1. Mendefinisikan kelompok-kelompok penting yang terlibat dalam pengikatan

       2. Mendefinisikan posisi relatif dari kelompok pengikat

       3. Perlu diketahui konformasi aktif

      4. Penting untuk mendesain dari suatu obat 

      5. Penting untuk penemuan obat

          Fungsi dari Kromofor

1.Mengetahui Suatu gugus-gugus yang penting dengan berikatan suatu reseptor

2.Mengetahui posisi 3 dimensi dari suatu molekul-molekul

3.untuk mengetahui konformasi aktif

4.untuk merancang atau mendesign dari suatu obat

5.Penting untuk penemuan suatu obat baru

Interaksi ini dapat berlangsung karena kekuatan ikatan kimia tertentu.Ada beberapa ikatan yang dapat di identifikasi berdasarkan struktur 3 dimensi suatu molekul yaitu :

   A. Ikatan hidrogen

Ikatan hidrogen adalah suatu ikatan antara atom H yang mempunyai muatan positif parsial dengan atom lain yang bersifat elektronegatif dan mempunyai sepasang elektron bebas dengan oktet lengkap seperti O, N, F. Atom yang bermuatan positif parsial dapat berinteraksi dengan atom negatif parsial dari molekul atau atom lain yang berbeda ikatan kovalennya dalam satu molekul.

Contoh : H2O

B. Ikatan Kovalen

Ikatan kovalen terbentuk bila ada dua atom saling menggunakan sepasang elektron secara bersama-sama. Ikatan kovalen merupakan ikatan kimia yang paling kuat dengan rata-rata kekuatan ikatan 1000 kkal/mol. Dengan kekuatan ikatan yang tinggi ini, pada suhu normal ikatan bersifat ireversibel dan hanya dapat pecah bila ada pengaruh katalisator enzim tertentu. Interaksi obat-katalisator melalui ikatan kovalen menghasilkan kompleks yang cukup stabil dan sifat ini dapat digunakan untuk tujuan pengobatan tertentu.

   

C. Ikatan Van Der Waal’s

Ikatan van der waal’s merupakan kekuatan tarik-menarik antar molekul atau atom yang tidak bermuatan dan letaknya berdekatan atau jaraknya ± 4-6 Å. Ikatan ini terjadi karena sifat kepolarisasian molekul atau atom. Meskipun secara individu lemah tetapi hasil penjumlahan ikatan van del waal’s merupakan faktor pengikat yang cukup bermakna terutama untuk senyawa-senyawa yang mempunyai berat molekul tinggi. Ikatan van der waal’s terlibat pada interaksi cincin benzen dengan daerah bidang datar reseptor dan pada interaksi rantai hidrokarbon dengan makromolekul protein atau reseptor.

D. Ikatan ion

Ikatan ion adalah ikatan yag dihasilkan oleh daya tarik menarik elektrostatik antara ion-ion yang muatannya berlawanan. Kekuatan tarik-menarik akan makin berkurang bila jarak antar ion makin jauh dan pengurangan tersebut berbanding terbalik dengan jaraknya.

E. Interaksi Ion-Dipol dan dipol-Dipol

Adanya perbedaan keelektronegatifan atom C dengan atom yang lain seperti O dan N, akan membentuk distribusi elektron tidak simetrik atau dipol, yang mampu membentuk ikatan dengan ion atau dipol lain, baik yang mempunyai daerah kerapatan elektron tinggi maupun yang rendah.

Contoh: turunan metadon

F. Ikatan hidrofob

Ikatan hidrofob merupakan salah satu kekuatan penting pada proses penggabungan daerah non polar molekul obat dengan daerah non polar reseptor biologis. Daerah non polar molekul obat yang tidak larut dalam air dan molekul-molekul air disekelilingnya akan bergabung melalui ikatan hidrogen membentuk struktur quasi-crystalline(icebergs).

G. Transfer Muatan

Kompleks yang terbentuk antara dua molekul melalui ikatan hidrogen merupakan kasus khusus dari fenomena umum kompleks donor-aseptor, yang distabilkan melaui daya tarik-menarik elektrostatis antara molekul donor elektron dan molekul aseptor elektron.

Pertanyaan:
1.Sebutkan Tujuan utama  dari RAPID. .?
2.keunggulan dan kelemahan RAPID ....?
3.Sebutkan pengertian kromofor dari Kromofor....?

4.Bagaimana cara mengidentifikasi suatu kromofor…?

5.Apakah yang dimaksud dari interaksi ligand….?

6.Ada berapa tahap dalam  model Rapid...?

     



                                      Daftar Pustaka
Agustinus.2002.Studi Analisis RAPID APLICATION DEVELOPMENT Sebagai Salah satu Alternatif Metode Penggembangan Perangkat Lunak.Jurnal Informatika Vol 3(2):74-79
Kosasi,Sandy.2015.Penerapan Rapid aplication Development Dalam Sistem Perniagaan Furniture.Jurnal citec Vol 2(4)
Thomas.2007.Identification and Preiiminary Structure Activity Relationship.Jurnal Of Natural Product.Vol 7(8):1278-1282