kimia medisinal identifikasi farmakofor
Farmakofor atau
pharmacophore adalah konfigurasi spasial fitur pentingyang memugkinkan molekul
ligan untuk berinteraksi dengan reseptor targettertentu. Dengan tidak adanya
struktur reseptor dikenal,farmakofor dapat di identifikasi dari suatu sel ligan
yang telah diamati untuk berinteraksi denganreseptor sasaran. Sebuah farmakofor
didefinisikan sebagai susuanan 3D fituryang sangat penting untuk molekul ligan
untuk berinteraksi dengan reseptortarget dalam situs pengikatan tertentu.
Setelah diidentifikasi, farmakofor
dapat berfungsi sebagai model penting untuk screening virtual, terutama dalamkasus dimana struktur 3D dari reseptor tidak
diketahui dan teknik docking yang tidak berlaku.
Fungsi dari identifikasi farmakofor yaitu :
1.
Gugus
molekul yang akan berikatan dengan reseptor
2.
Menentukan
posisi relatif dalam 3D ikatan obat dengan reseptor
3.
Komformasi
aktif dari molekul obat
4.
Penting
untuk mendesain
5.
Dasar
penting untuk menentukan obat baru
Ariens (1954) dan Stephenson (1956), memodifikasi dan
membagi interaksi obat-reseptor menjadi dua tahap, yaitu:
1. Pembentukan kompleks
obat-reseptor
2. Menghasilkan respons biologis
Setiap struktur molekul obat harus mengandung bagian yang secara bebas
dapat menunjang afinitas interaksi obat-reseptor dan mempunyai efisiensi untuk
menimbulkan respons biologis sebagai akibat pembentukan kompleks obat reseptor.
Interaksi
obat-reseptor terjadi melalui dua tahap, yaitu:
a. Interaksi molekul obat dengan reseptor
spesifik
Interaksi ini memerlukan afinitas
b. Interaksi yang dapat menyebabkan perubahan
konformasi makromolekul protein sehingga timbul respons biologis.
Ikatan hidrogen
Ikatan hidrogen adalah suatu ikatan
antara atom H yang mempunyai muatan positif parsial dengan atom lain yang
bersifat elektronegatif dan mempunyai sepasang elektron bebas dengan oktet
lengkap seperti O, N, F. Atom yang bermuatan positif parsial dapat berinteraksi
dengan atom negatif parsial dari molekul atau atom lain yang berbeda ikatan
kovalennya dalam satu molekul.
Contoh : H2O
Ikatan Van Der
Waal’s
Ikatan van der waal’s merupakan kekuatan
tarik-menarik antar molekul atau atom yang tidak bermuatan dan letaknya
berdekatan atau jaraknya ± 4-6 Å. Ikatan ini terjadi karena sifat
kepolarisasian molekul atau atom. Meskipun secara individu lemah tetapi hasil
penjumlahan ikatan van del waal’s merupakan faktor pengikat yang cukup bermakna
terutama untuk senyawa-senyawa yang mempunyai berat molekul tinggi. Ikatan van
der waal’s terlibat pada interaksi cincin benzen dengan daerah bidang datar
reseptor dan pada interaksi rantai hidrokarbon dengan makromolekul protein atau
reseptor.
Ikatan hidrofob
Ikatan hidrofob merupakan salah satu
kekuatan penting pada proses penggabungan daerah non polar molekul obat dengan
daerah non polar reseptor biologis. Daerah non polar molekul obat yang tidak larut
dalam air dan molekul-molekul air disekelilingnya akan bergabung melalui ikatan
hidrogen membentuk struktur quasi-crystalline (icebergs).
Interaksi obat-reseptor terjadi melalui dua tahap,
yaitu:
a.
Interaksi molekul obat dengan reseptor spesifik
Interaksi ini memerlukan afinitas
b. Interaksi
yang dapat menyebabkan perubahan konformasi makromolekul protein sehingga
timbul respons biologis.
Respons
biologis yang terjadi setelah pengikatan obat-reseptor dapat merupakan:
1.
Rangsangan aktivitas (efek agonis)
2.
Pengurangan aktivitas (efek antagonis)
Modifikasi interaksi obat-reseptor
ada dua tahap, yaitu:
1.
Pembentukan kompleks obat-reseptor
2. Menghasilkan respons biologis
Permasalahan
1. apakah yang dimaksud dari konformasi aktif?
2. bagaimanakah cara kita mengetahui dari senyawa kromofor?
3. Mengapa farmakofor ini sangat penting dalam mendesain suatu obat baru?
Referensi
Bravi,
G.,E. Garcia, D.V.S. Green, M.M. Hann, 2000, Modelling Structure – Activity
Relationship; Virtual Screening for Bioactive Molecules, vol. 10., Wiley-VCH,
Basel, Germany.
Siswandono dan Bambang,S. 2000. Kimia Medisinal.Airlangga
University Press: Surabaya.
Komentar
Posting Komentar